Op 2 februari 1414 werd Abbekerk door Willem VI, samen met Twisk, Midwoud en Lambertschaag verheven tot de stede Abbekerk. Later zou het alleen nog gehele stadsrechten hebben met Lambertschaag, al bleven Twisk en Midwoud onder de stede Abbekerk vallen en dus ook onder de gezamenlijke rechtbank voor hoge, middelbare en lage jurisdictie van de stede. Ook hadden de twee dorpen nog eigendomsrechten via de stede. In Abbekerk was er een "regthuys" (rechthuis) gevestigd van de stede en de stad. Dit gebouw bestaat nog steeds, alhoewel het in 1830 door een verbouwing een heel ander aanzien kreeg. In 1830 werden ook de eigendomsrechten van Twisk en Midwoud afgekocht.

Abbekerk komt als plaatsnaam voor het eerst voor in 1310 als Abbenkerke. De plaatsnaam zou verwijzen dat hier een kerk van de persoon of familie van Abbe(n) stond.

De plaats is gelegen aan de Westfriese Omringdijk, vroeger lag het aan het water, tegenwoordig aan de polder van de Wieringermeer. Het dorp Abbekerk ligt zelf niet aan de dijk, dit is het dorp Lambertschaag.