Bovenkarspel is al een oude woonkern, het wordt reeds in 1193 genoemd, heeft dan 200 inwoners en de plaats zou dan ook al een kerk of parochie hebben. De plaats lag toen waarschijnlijk slechts als een lint aan de hoofdweg (nog altijd toepasselijk "Hoofdstraat" geheten). Dit omdat de bebouwing net als bij het naast gelegen Grootebroek, Lutjebroek en Hoogkarspel op een zandrug midden in moerasgebied lag. De plaatsen vielen toen onder de banne Broek.

Een echte ontginning van die moerassen begon in de 15e eeuw, toen vormde Bovenkarspel al een stede met het naburige Grootebroek. Het had die stadsrechten gekregen in 1364. In 1402 sloten Lutjebroek en Horn aan en een jaar later ook Hoogkarspel. Waarschijnlijk is de ontginning ook de reden dat er nooit stadsmuren zijn gebouwd voor Broek. Immers de woonkernen hadden nog veel gebied om te groeien. Dankzij de stadsrechten en de ontginningen groeide de plaats in grootte en belangrijkheid.

Zo zelfs dat men in 1415 toestemming kreeg voor een haven in het achterland van de stad, ten zuiden van Bovenkarspel bij de Zuiderzee. Maar door ruzie met de naastgelegen stad Enkhuizen duurde het tot 1449 voor men daadwerkelijk met de aanleg kon beginnen. De uiteindelijk ontstane haven kent zowel een buitenhaven als binnenhaven. Bij de haven groeide naast de gewone bedrijvigheid ook een woonkern, deze kern kreeg de naam van de haven: Broekerhaven. Lang werd het als eigen kern beschouwd en de woonkern viel ook buiten de stad. Aan de Broekerhavenweg vinden we tegenwoordig nog steeds de korenmolen Ceres uit 1849.