Het gebied waar Schellinkhout in ligt werd al bewoond in de Midden-Bronstijd. Schellinkhout ligt op het zuidelijke deel van een zandrug die naar Grootebroek loopt. 700 jaar voor onze jaartelling werd het gebied weer onbewoonbaar omdat het gebied een stuk drassiger werd. In het begin van de jaartelling wordt het gebied langzaam bewoonbaarder. Vanaf de elfde eeuw is de vaste bewoning in het gebied een feit. Bij Schellinkhout mondt de veenrivier De Dregt uit in de Zuiderzee.

Bij een akker in de stad werden in 1995 hier ook vondsten van gedaan. Zo vond men in het talud van een sloot een gouden halssieraad. Verder werd uit de akkerbodem twaalf scherven aardewerk, een fragment van een bronzen ruiterspoor en een bronzen gesp gehaald, allen daterend uit de Middeleeuwen. De scherven aardewerk dateren van 1050 tot 1350.

De plaats Schellinkhout ontwikkelde zich in de polder die ook Schellinkhout werd genoemd. Deze polder viel onder De Zuiderkogge van de Ambacht Drechterland. Schellinkhout wordt voor het eerst gemeld in 1282. Er zijn meerdere uitleggen mogelijk voor de naam Schellinkhout maar één van de meest waarschijnlijke is die terug gaat op het Oudfriese woord skilenghe, wat 'scheiding' en 'hout bos' betekent. Mogelijk lag het bos gescheiden of werd het gescheiden door water. Bij de inval van Floris V bij Wijdenes volgt uiteindelijk een slagveld; deze vond plaats nabij Schellinkhout. Floris V was wraakgezind voor de dood van zijn vader en slachtte bij deze slag tussen 600 en 1200 Westfriezen af.

Schellinkhout telde in 1338 zo'n 230 inwoners, de plaats is dan 800 morgens groot. 1 morgen is 600 roeden. In 1365 wordt voor het eerst een kerk genoemd in de plaats. In 1402 verleende Hertog Aelbrecht van Beijeren Schellinkhout de stadsrechten, sindsdien mag het zich een stad noemen. Net als veel dorpse steden in West-Friesland werd Schellinkhout nooit ommuurd. Wel mochten zulke steden een aarden wal aanleggen met een gracht om zo toch een soort bescherming te geven.