Het dorp werd in 1319 gemeld als Hoghenkerspel. De plaatsnaam duidt op het hoger gelegen kerkdorp. Het dorp is op het hoogste punt van de zandrug, die is gelegen tussen Hoorn en Enkhuizen. In 1403 sloot het dorp zich aan bij de aangrenzende verzameling dorpen met stadsrechten, Stede Broek. In het oostelijk deel van het dorp was er toen ook een sterke groei van bewoning. In het oostelijk deel bleef de landbouw de belangrijkste landinvulling. Hoogkarspel kende ook het grootst aantal boerderijen van de stad. Dit is nu nog altijd het geval.

Na de Middeleeuwenwerden de boomgaarden geïntroduceerd als landbouw Het dorp kende tot in de jaren 1960 vele boomgaarden. In 1950 telde het dorp bijna 2700 inwoners. In de jaren '70 werd het (samen met de andere dorpskernen van de stad Stede Broek) uitgeroepen tot groeikern om zo de groeiende migratie uit de Randstad op te vangen. Deze groei vond vooral plaats in het oostelijk deel van het dorp (Bloemenwijk) en ten noorden (Plan Noord), het oostelijk deel kent nog altijd een sterke landbouwbewoning.